Την περίοδο του 1600 έως και τον επόμενο αιώνα, τα νοικοκυριά φαίνεται να συνδυάζουν την αμπελοκαλλιέργεια με την καλλιέργεια δημητριακών, κηπευτικών και διαφόρων δένδρων. Κατά τον επόμενο αιώνα (1700 με 1800) υπάρχουν πλήθος μαρτυρίες, κυρίως περιηγητών, οι οποίοι καταγράφουν ως σημαντικότερη παραγωγική δραστηριότητα της Σάμου, την αμπελοκαλλιέργεια. Το μοσχάτο κρασί μετατρέπεται σε καθαρά εξαγώγιμο είδος, αφού προοριζόταν για πώληση στους Γάλλους εμπόρους της Σμύρνης.

Σύμφωνα με ιστορικές πηγές, η πρωτεύουσα του νησιού, η Σάμος, οφείλει την ανάπτυξή της στην οικονομική και εργασιακή δραστηριότητα που αναπτύχθηκε στην περιοχή του φυσικού λιμανιού «Βαθέος», εξαιτίας της εμπορίας και διακίνησης του κρασιού από τον 17ο αιώνα. Το Οθωμανικό κράτος, μετά το 1770, επιβάλει (μετά τον στρεμματικό φόρο και τη δεκάτη), νέο φόρο στο κρασί. Την περίοδο 1800 – 1850 συνεχίζεται η αύξηση της καλλιέργειας του αμπελιού καθώς και των άλλων εμπορεύσιμων καλλιεργειών. Το 1832 το νησί της Σάμου ανακηρύσσεται σε «Ηγεμονία» με Έλληνα Ηγεμόνα, διορισμένο από την Υψηλή Πύλη.

Η επόμενη περίοδος, 1850 – 1912, είναι πολυκύμαντη και τα γεγονότα της θα συνεχίσουν να επηρεάζουν ποικιλοτρόπως την αμπελοκαλλιέργεια. Η περίοδος αυτή προσδιορίζεται από μια δεκαετή σοβαρή κρίση στη γεωργική παραγωγή της Σάμου, η οποία ξεκίνησε με τον δριμύ χειμώνα του 1849 – 1850 που πάγωσε και κατέστρεψε αμπελώνες και δέντρα. Συνεχίστηκε με την εμφάνιση (μετά από ένα χρόνο) της ασθένειας, γνωστής ως ωίδιο (σιναπίδι ή ερεσίβη), η οποία κορυφώθηκε το 1854. Η κρίση φαίνεται να τελειώνει πέντε χρόνια μετά, εφόσον προηγουμένως άρχισε να εφαρμόζεται το θειάφι (1856) για την αντιμετώπιση της ασθένειας του αμπελιού αλλά και την προστασία των αμπελώνων.

Το 1870 κάνει την εμφάνιση του το έντομο της φυλλοξήρας στη Γαλλία το οποίο και καταστρέφει εκατομμύρια στρέμματα γαλλικών αμπελώνων. Αυτό οδηγεί σε αύξηση της ζήτησης των σαμιώτικων κρασιών, τα οποία σημειώνουν σημαντικότατη αύξηση πωλήσεων και τιμών το 1880, με ρεκόρ ακτοπλοϊκών συνδέσεων για το νησί της Σάμου! Οι οινοπαραγωγοί της Γαλλίας, λόγω του γνωστού προβλήματος της φυλλοξήρας, στράφηκαν στην εισαγωγή ολοένα και μεγαλύτερων ποσοτήτων σαμιακού οίνου. Το 1883 από συνολική παραγωγή 99.300 στατήρων, οι 62.000 εξήχθησαν στη Γαλλία.

Το 1888 ξεκινά μια νέα και ακόμη μεγαλύτερη κρίση στο σαμιακό οινικό χώρο. Η κρίση οφείλεται τόσο στις τιμές του κρασιού και της σταφίδας, που καταρρέουν στις διεθνείς αγορές, αλλά κυρίως στη ραγδαία εξάπλωση της φυλλοξήρας που οδηγεί σε καταστροφή των σαμιακών αμπελώνων. Το 1900 οι ελάχιστοι αμπελώνες που έχουν απομείνει στη Σάμο, τίθενται υπό τη φροντίδα της «Ηγεμονίας».

Σταδιακά, μετά την καταστροφή, ο Σαμιακός αμπελώνας αναφυτεύεται με την χρήση αμερικανικών υποκειμένων τα οποία ήταν ανθεκτικά στην ασθένεια. Με αυτά τα μοσχεύματα εμβολιάσθηκαν και όσα μοσχάτα είχαν διασωθεί. Σε αυτόν τον αμπελώνα, ο οποίος φτάνει ως τις μέρες μας, τα εμβολιασμένα πλέον κλήματα προσαρμόζονται ξανά στις ιδιαίτερες και πολύμορφες εδαφοκλιματικές συνθήκες του νησιού. Ο συνδυασμός αυτός δίνει τον ιδιαίτερο και πολυδύναμο χαρακτήρα του «άσπρου μικρόρωγου μοσχάτου Σάμου» που γνωρίζουμε μέχρι και σήμερα.

Κατά την αρχαιότητα ο καλύτερος τρόπος για την μεταφορά μεγάλων ποσοτήτων εμπορευμάτων σε μακρινούς προορισμούς ήταν η θάλασσα. Το νησί της Σάμου ήταν γνωστό από την αρχαιότητα για τα κρασιά του αλλά και τα κεραμικά του, που τα εξήγαγε, ενώ εισήγαγε υφάσματα από το εσωτερικό της Μικράς Ασίας και γενικά ανέπτυσσε έντονο διαμετακομιστικό εμπόριο. Οι Σάμιοι άνοιξαν εμπορικές οδούς με την Αίγυπτο, την Κυρήνη, την Κόρινθο αλλά και με τη Μαύρη Θάλασσα. Το εμπόριο έφερε και τη ρήξη με την εμπορική αντίπαλο Μίλητο.

Ιστορικές αναφορές κατά την αρχαιότητα για τα κρασιά της Σάμου συναντάμε στον Ιπποκράτη, τον Γαληνό, τον Θεόφραστο. Η Σάμος διέθετε ασφαλές και καλά οργανωμένα λιμάνια, ενώ οι διήρεις Σάμαινες αποδεδειγμένα μετέφεραν με σαμιακούς αμφορείς κρασί από τη Σάμο σε διάφορα λιμάνια του τότε υπαρκτού κόσμου.

Ήταν αναπόφευκτο λοιπόν οι Σαμιώτες έμποροι κρασιού, λαδιού και κεραμικής να φορτώνουν σε καράβια τα εμπορεύματα τους και να αλωνίζουν τη Μεσόγειο κατά μήκος και κατά πλάτος.

Τα λιμάνια της Σάμου είναι γεμάτα από πλοία ικανά για υπερπόντια ταξίδια. Οι ναυτικοί και οι έμποροί της, που θα φθάσουν από τη Θράκη έως την Φοινίκη, από τη Λιβύη έως την Ισπανία και τη Ναυκράτη – στο Δέλτα του Νείλου -, φτιάχνουν τη δική τους αποικία και χτίζουν Ηραίο, παράρτημα του σαμιακού ιερού.

Ο θαλασσοπόρος Κωλαίος μάλιστα, γύρω στο 630 π.Χ., θα φθάσει έως τη Νότια Αγγλία και θα αφιερώσει στην Ηρα ένα ολόκληρο ποντοπόρο πλοίο μήκους 25-30 μέτρων.

Τη σύγχρονη εικόνα της Σαμιακής οινοποιίας συνθέτουν ο ΕΟΣ Σάμου και ένας αξιόλογος αριθμός μικρομεσαίων οινοποιητικών επιχειρήσεων. Συγκεκριμένα, ο κλάδος της παραγωγής Σαμιακού οίνου αποτελείται από 6 οινοποιεία, 1 επισκέψιμο αμπελώνα και 1 συνεταιρισμό που παράγουν πολλές διαφορετικές ετικέτες κρασιού. Σημειώνεται ότι αρκετές εταιρείες του κλάδου, όπως για παράδειγμα το ΜΕΤΑΧΑ LIKNON, επιδεικνύουν παραγωγική δραστηριότητα και σε άλλα αλκοολούχα ποτά, όπως το κονιάκ.
Οι οινοποιητικές αυτές εταιρείες ελέγχουν σημαντικά μερίδια της εγχώριας αγοράς εμφιαλωμένων κρασιών και διακινούν τα προϊόντα τους μέσω χονδρεμπόρων ή με απευθείας πωλήσεις σε Supermarket και εστιατόρια, καλύπτοντας μέσω των εκτεταμένων αυτών δικτύων διανομής το σύνολο της χώρας. Επίσης, ορισμένες παράγουν χύμα αλλά και εμφιαλωμένο κρασί το οποίο διατίθεται στην τοπική αγορά του νησιού, ενώ άλλες παράγουν εμφιαλωμένο κρασί «περιορισμένης παραγωγής» με ιδιαίτερα χαρακτηριστικά, η διανομή του οποίου πραγματοποιείται συνήθως μέσω ειδικευμένων εταιρειών.
Τα τελευταία χρόνια η ποιότητα και η φήμη των εμφιαλωμένων Σαμιακών κρασιών έχει βελτιωθεί σε μεγάλο βαθμό, γεγονός που επιβεβαιώνεται από τις συνεχείς βραβεύσεις που αποσπούν τόσο ο ΕΟΣΣ όσο και τα οινοποιεία σε διεθνείς διαγωνισμούς. Πολλές επιχειρήσεις έχουν πραγματοποιήσει επενδύσεις εκσυγχρονισμού, οι οποίες ενίοτε εντάσσονται σε επιδοτούμενα προγράμματα.

Επιπλέον, ο εξαγωγικός προσανατολισμός των οινοποιητικών επιχειρήσεων της Σάμου είναι έντονος. Ως κυριότερες αγορές των Σαμιακών κρασιών αναδεικνύονται η Γαλλία, η Γερμανία, η Ελβετία, η Κίνα, Καναδάς κ.α. Τόσο ο ΕΟΣ όσο και τα οινοποιεία της Σάμου καταφέρνουν να προβάλλουν την μοναδικότητα και την ποιότητα του Σαμιακού οίνου στη διεθνή αγορά. Αυτό έχει σαν αποτέλεσμα να προωθηθεί το σαμιώτικο κρασί σε νέες αγορές και έπειτα να σημειωθεί αύξηση της ζήτησης σε όλες τις ποικιλίες. Έτσι λοιπόν με την κατάλληλη προβολή και προώθηση αυξάνονται οι πωλήσεις, μεγιστοποιείται το κέρδος, πραγματοποιείται έναρξη ή αύξηση των εξαγωγών και αυξάνεται η ζήτηση.